Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tez Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ege Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Fitopatoloji (Dr), Türkiye
Tez Danışmanı: Mustafa Gümüş
Tezin Onay Tarihi: 2016
Tezin Dili: Türkçe
Desteklendiği Program: Diğer
Özet:
Bu çalışma 2011-2015 yılları arasında Ege Bölgesi’nde bağcılığın yoğun olarak yapıldığı illerde asma yaprak kıvrılma hastalığı ile ilişkili virüslerin (GLRaV-1, GLRaV-2, GLRaV-3, GLRaV-4, GLRaV-5, GLRaV-6, GLRaV-7, GLRaV-9, GLRaV-Pr ve GLRaV-De) serolojik yöntemlerden DAS-ELISA ve moleküler yöntemlerden Real-time RT-PCR kullanılarak bulunma durumlarının saptanması, seçilen bazı örneklerin biyolojik indeksleme ile otsu ve odunsu indikatörlerde oluşturduğu simptomların belirlenmesi ve elde edilen DNA dizileme verileriyle yerel izolatların birbirleriyle ve dünya izolatlarıyla olan filogenetik ilişkilerinin belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. 2011 ve 2012 yıllarında Manisa, Denizli, İzmir, Aydın ve Uşak illerinden toplanan örneklerde gerçekleştirilen DAS-ELISA ve Real-time RT-PCR testleri sonucunda 424 örneğin 133 (%31,4)’ünün asma yaprak kıvrılma hastalığı ile ilişkili virüslerden en az biri ile enfekteli olduğu, enfeksiyon oranlarının Denizli ilinde %34,1; Manisa ilinde %32,2; İzmir ilinde %26,7; Uşak ilinde %20 ve Aydın ilinde ise %18,2 olduğu saptanmıştır. Karışık enfeksiyonlar dikkate alınmadan genel bir değerlendirme yapıldığında GLRaV-Pr’nin %16,8’lik bulunma durumuyla en yaygın virüs olduğu, bunu GLRaV-De (%12), GLRaV-3 (%8,5), GLRaV-2 (%2,8), GLRaV-4 (%2,4), GLRaV-9 (%0,9), GLRaV-1 (%0,5), GLRaV-5 (%0,2) ve GLRaV-7 (%0,2)’nin belirtilen oranlarda izlediği; GLRaV-6 açısından ise enfekteli örneğin tespit edilemediği belirlenmiştir. Testlenen 424 örneğin %22,2’sinin bir, %9,2’sinin ise birden fazla virüsle enfekteli olduğu saptanmıştır. Otsu indikatörlerden sadece U-5 numaralı izolatın inokule edildiği Nicotiana benthamiana’da simptom oluşumu gözlenirken odunsu indikatörlerle yapılan biyolojik indeksleme çalışmalarında ise seçilen tüm izolatların Cabernet Franc, Cabernet Sauvignon ve Pinot Noir indikatörlerinin en az birinde değişen şiddetlerde simptom oluşturduğu tespit edilmiştir. GLRaV-1, GLRaV-2, GLRaV-3, GLRaV-4, GLRaV-5, GLRaV-Pr ve GLRaV-De virüslerine ait dizileme verisi elde edilen yerel izolatların NCBI gen bankasından elde edilen referans izolatlarlarla genel olarak nükleotit ve amino asit düzeyinde yüksek oranda benzerlik gösterdiği belirlenmiş olup yerel izolatlara ait elde edilen 23 dizileme verisi NCBI gen bankasına kayıt edilerek erişim numaraları alınmıştır. Gerçekleştirilen bu çalışma ile ülkemiz bağlarında GLRaV-9, GLRaV-Pr ve GLRaV-De virüslerinin varlığı ilk kez saptanmıştır.