Akademik Veri Yönetim Sistemi
3. Bilsel International Ahlat Scientific Research Congress, Bitlis, Türkiye, 8 - 09 Haziran 2024, ss.549-556
Haşhaş (Papaver somniferum ) ülkemizde hem endüstriyel hem de tıbbi amaçlı kullanılan stratejik öneme sahip bitkilerden birisidir. Anneksinler, kalsiyuma bağlı olarak membran fosfolipidlerine bağlanan, karakteristik anneksin tekrarı içeren çok işlevli bir protein ve süper gen ailesidir. Bu çalışmada, haşhaş anneksin gen ailesi üyelerinin biyoinformatik araçlar kullanılarak karakterize edilmesi ve yüksek sıcaklık koşullarında işlevsel rollerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.
Haşhaş PsAnn genlerinin fonksiyonları hakkında bilgi sahibi olmak için fizikokimyasal özellikleri, promotorlarda mevcut cis etkili elementler ve sıcaklığa yanıt olarak gen ifade düzeyleri belirlenmiştir. Haşhaşda, 25 protein belirlenmiş ve bunlar PsAnn olarak isimlendirilmiştir. PsAnn’ları 238 aa (PsAnn25) ile 344 aa (PsAnn24) arası olup, en küçük ve en büyük moleküler ağırlığı (kDa) sırasıyla PsAnn1 (31,72 kDa) ve PsAnn24 (39,40 kDa) proteinleridir. PsAnn proteinlerin GRAVY değerleri negatif olduğundan hepsi hidrofiliktir. Alifatik indeks 84.17 (PsAnn7) ile 97.89 (PsAnn19) arasında, izoelektrik nokta (pI) değerleri ise 5.01 (asidik) ve 9.45 (bazik) arasında değişmektedir. PsAnn gen promotorlarında tespit edilen çeşitli cis-etkili elementler, bu genlerin ışık, hormon, gelişim ve çevresel stres tepkileri ile ilişkili olabileceğine işaret etmiştir.
Yüksek sıcaklık altında genlerin fonksiyonel rollerini belirlemek için 30 °C yüksek sıcaklık koşulları altında 6 saat bekletilen bitkilerde dokuz PsAnn geninin ifade düzeyleri gerçek zamanlı kantitatif polimeraz reaksiyonu ile analiz edilmiştir.
Sonuç olarak, cis-etkili elementler, fizikokimyasal özellikleri ve PsAnn genlerinin ifade analizleri,yüksek sıcaklıklarda daha yüksek gen ifade seviyeleri, abiyotik ve biyotik stres yanıtında işlevleri olan bazı PsAnn genlerinin varlığına ve bunların ıslah amacıyla gelecekte gen düzenlemede kullanılabileceğine işaret etmektedir.