Prematür over yetmezliği olgularında genomik kopya sayısı değişikliklerinin array CGH yöntemi ile değerlendirilmesi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Eskişehir Osmangazi Üniversitesi, SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, TIBBİ GENETİK ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2015
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: HALİME KÜÇÜK
Danışman: SEVİLHAN ARTAN
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Küçük H. Prematür Over Yetmezliği Olgularındaki Genomik Değişikliklerin Array CGH Yöntemi İle Değerlendirilmesi. Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Genetik Anabilim Dalı Doktora Tezi, Eskişehir, 2015. Prematür over yetmezliği (POY), 40 yaş altı kadınlarda FSH (Follicle Stimulating Hormone) değerlerinin 40 IU/L ve daha üzerinde olduğu, en az 4 ay amenorenin görüldüğü, ovaryan foliküllerin erken azalması ile karakterize, folikül oluşumunu kontrol eden birden fazla genin etkili olduğu, kompleks heterojenik klinik bir hastalıktır. Kadınların %1'inde görülen POY tablosunun etiyolojisi tam olarak aydınlatılamamış olsa da, literatür verileri güçlü bir genetik bileşeni olduğunu öngörmektedir. POY etiyolojisinin %20'sini ailesel genetik nedenler, %10'unu X kromozom anomalileri oluşturmaktadır. Son yıllarda gelişen teknolojik analiz metotları ile X kromozomunun yanı sıra AIRE, DAZL, FOXL2, FSHR, GALT ve TGF-I gen ailesi üyelerinden GDF9, INHJ gibi otozomal kromozomlarda lokalize genlerdeki değişikliklerin de POY'da rolü olduğu düşünülmektedir. Kromozom analizleri 5-6 Mb'dan daha büyük yapısal kromozom anomalilerini ortaya koyabilirken daha küçük kopya sayısı değişimlerini tüm genom genelinde belirlemeyi olanaklı kılan mikroarray yöntemi son yıllarda POY olgularında genetik temelin ortaya konmasında aktif olarak kullanılmaktadır. İnsan genomunun yüksek çözünürlükle taranması ve kopya sayısı değişikliklerinin (CNV) tanımlanması, klinik olarak anlamlı lokusların tespit edilmesine yol açmıştır. Mikroarray yöntemi ile spesifik olarak değerlendirilebilecek anomalilerin saptanması, bu hasta grubuna özgü tanı kitlerinin oluşturulmasına veri sağlayacaktır. Ayrıca olguların ailelerine ve risk altındaki aile bireylerine genetik danışma verilerek bilgilendirilebilmesi ve yönlendirilebilmesi mümkün olacaktır. Bu çalışma, POY etiyolojisinde rol oynayan ve daha önce literatürde tanımlanmış genetik faktörlerin durumunun ortaya konması açısından da bir veri oluşturacaktır. Bu hedefler doğrultusunda POY olgularında yüksek rezolüsyonlu mikroarray analizi ile CNV açısından tüm genom taranarak aday genlerin belirlenmesi, genetik temelin ortaya konması ve takibinde fonksiyonel çalışmaların yapılması amaçlanmıştır. Çalışmamıza klinik ve genetik değerlendirmeleri yapılan, yaş ortalaması 30,4±6,36 olan, sekonder amenoresi bulunan toplam 55 POY olgusu dâhil edilmiştir. Klinik genetik değerlendirme sonrası sendromik olmayan ve normal kromozom kuruluşuna sahip olan olgularda, Frajil X premutasyon değerlendirmesi için FMR1 geni fragman analizi gerçekleştirilmiştir. Tüm olgularda normal tekrar dizisi saptanmıştır. Çalışmamızın son aşamasında olgu örneklerinde Agilent® 8x60K platformu kullanılarak aCGH analizleri yapılmış, %40 olguda (22/55) 15 farklı CNV tespit edilmiştir. Saptanan CNV'lerin %60'ının (9/15) delesyon, %27'sinin (4/15) duplikasyon, %13'ünün (2/15) ise aynı bölgede hem delesyon hem de duplikasyon olduğu gözlenmiştir. Saptanan anomalilerden kromozom 15q26.3 ve kromozom Xp22.33 bölgelerine ait değişiklikler FISH analizleri ile doğrulanmıştır. Çalışmamızda %12,73 oranında değişikliği saptanan ASMTL, P2RY8, SHOX genleri ile değişikliği %1,82 sıklıkla saptanan MSX1 genleri literatürde de aday genler olarak bildirilmiştir. Ayrıca çalışmamızda oosit ve folikülogenez sürecinde fonksiyon gösterdiği bilinen, değişikliklerinde oogenezin olumsuz etkilenmesi, germ hücrelerinin deplesyonu, ovarian foliküllerin yapısal ve fonksiyonel olarak düzensizlikleri sonucu infertilitenin gözlendiği bildirilen PCSK6, NR4A2, NRG1, SPIRE2, PDPK1, KLHL4, SIRT1 genlerini içeren lokuslarda değişiklikler gözlenmiştir. Sonuç olarak POY'un etyopatogenezinde rol oynayabileceği bildirilen aday genler çalışmamızda da ortaya konmuş, bunların yanı sıra ileri analizlerin yapılması gereken yeni genler de literatüre kazandırılmıştır. Anahtar Kelimeler: Prematür Over Yetmezliği, Kopya Sayısı Değişiklikleri, CNV, Mikrodelesyon ve Mikroduplikasyon, array CGH.