Karaciğer hastalıklarında DNA diziliminin biyoenformatik hesaplamalarla irdelenmesi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Eskişehir Osmangazi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, BİLGİSAYAR MÜHENDİSLİĞİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2019
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: SALİHA ACAR
Danışman: EYYÜP GÜLBANDILAR
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Ülkemizde en çok siroz zemininde oluşan karaciğer kanseri, dünyada en sık rastlanan ilk 5 kanser türü arasında ve aynı zamanda ölüme sebep olan kanserler içinde 3. sıradadır. Toplumda yaygın olarak görülmesinin yanı sıra en sık karşılaşılan türü olan Hepatosellüler Karsinoma (HCC) hastalarının organ nakli dışında hayatta kalma olasılıklarının çok düşük olması HCC hastalığının ortaya çıkması ve ilerlemesinde rol oynayan moleküler yapıların ve protein etkileşimlerinin belirlenmesi ve analizi için yapılan araştırmaların önemini arttırmıştır. Bu çalışmada, 10 HCC hastası ve 10 sağlıklı bireyin karaciğer doku örneklerinden elde edilen mikrodizi verileri ile 17 HCC hastası ve 20 sirozlu karaciğere sahip bireyden alınan toplam 37 doku örneğinden elde edilen mikrodizi verileri kullanılarak gen ifade değişimlerinin tespiti için Differentially Expressed Genes (DEGs) Analizi, ifadesi sağlıklı birey genlerine göre artmış ve azalmış genlerin hücresel bileşen, moleküler işlev ve biyolojik süreç bağlamında sınıflandırılması için Gene Ontology (GO) Analizi ve anahtar genlerin birbirleriyle olan etkileşimlerinin tayini için de Protein-Protein Interaction (PPI) Network Analizi yapılmıştır. Yapılan biyoenformatik analizler sonucunda önemli karaciğer hastalıklarının oluşumu ve gelişiminde anahtar rol oynadığı tespit edilen 12 genin ifade seviyelerinde sağlıklı birey genlerine göre anlamlı değişim olduğu görülmüştür. Bu durum; hücre bölünmesi, proteoliz, nükleer bölünme, DNA hasar yanıtı ve lipid metabolizması regülasyonu gibi süreçlerde görevli olan bu genlerin kodladığı proteinlerin işlevlerini yerine getirmelerinin zorlaştığını göstermektedir.