Kolorektal kanserlerin primer tümör ve metastazlarındaki genomik kopya değişimleri
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Eskişehir Osmangazi Üniversitesi, SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, TIBBİ GENETİK ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2005
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: BEHİYE KAYTAZ ŞENEL
Danışman: SEVİLHAN ARTAN
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Kolorektal kanser dünyada kanser orjinli ölümlerin en önemli nedenlerinden biridir. Metastazların, kanser nedenli Ölümlerin büyük bölümünden sorumlu olmasına rağmen kolorektal kanser metastazların moleküler yapılan henüz çok az çalışılmıştır. Bu çalışma primer tümörler ile metastazlardaki genomik anomalileri belirlemek ve böylece metastatik yayılıma yatkınlığa neden olabilecek genetik olayları ortaya koyabilecek primer tümörler ile metastatik tümörler arasındaki genetik farklılıklar saptanabilecektir. Çalışmada, 25 primer tümör, 4 karaciğer ve bir over metastazı ile 8 lenf nodu tümörü olmak üzere toplam 38 tümör örneği yüksek rezolusyonlu- karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (YR-KGH) tekniği ile analiz edilmiştir. Bu yöntemde, parafinize tümör örnekleri ile sağlıklı erkekten alman periferik kan örneğinden DNA izolasyonu (sırasıyla test DNA ve kontrol DNA) yapılmış olup test ve kontrol DNA örnekleri dejenere oligonükleotid primer- polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılmış, test DNA Spectrum Green, kontrol DNA ise Spectrum Red ile işaretlenmiştir. Daha sonra işaretli DNA' lar normal lenfosit metafaz preparatında hibridize edilmişlerdir. YR-KGH profilleri analiz edilerek gruplardaki genomik kopya aberasyonları karşılaştınlmıştır. Bulgular, genomik kopya aberasyon frekansının dokudaki hücresel farklılaşma azaldıkça arttığını göstermiştir. Kromozom 8q, 13q, 20q artışları ile kromozom 8p, 17p ve 18q delesyonlan sıklıkla gözlenen anomalilerdi. Kromozom 2p, 7pl2, ve 7p21 artışları ilk olarak bu çalışmada primer tümörlerde gözlenen anomalilerdi. Kromozom 4q, 10q, 14q ve 20p artışları sadece primer tümörlerde gözlenen anomalilerdi. Diğer taraftan genomik kopya aberasyon sıklığının karaciğer metastazlarında daha yüksek olduğu saptandı. Kromozom 9q ve 12p artışları sadece karaciğer metastazlarında gözlenen anomaliler iken kromozom lOp artışı sadece lenf nodu tümörlerinde gözlendi. Tümörlerde yeni aday kromozomal bölgelerin saptanması ve daha önce rapor edilen anomalilerin çalışmamızda daha yüksek sıklıkta gözlenmesinin kullanılan teknikten kaynaklandığı düşüncesindeyiz. Çünkü YR-KGH'nin rezolusyon gücü (>3-4 Mb) klasik KGH rezolusyon gücüne (>5-10 Mb) göre daha yüksektir. Bilgilerimize göre bu çalışma kolorektal tümörler ile metastazların YR-KGH tekniği ile incelendiği ilk çalışmadır. Çalışma bulguları, tümörün yayılımındaki farklılığın metastatik fenotipe ait özelliklerden sorumlu spesifik değişimlerin gözlendiği rastgele olmayan kromozom anomalilerinin birikimden kaynaklanabileceğini gösterir niteliktedir. Ancak çalışma populasyonunun genişletilmesi ve ileri analizlerde elde edilen verilerin hastalık prognozu ile bağlantısının kurulmasının klinikte büyük faydalar sağlayacağı düşüncesindeyiz. Anahtar Kelimeler: YR-KGH, kolorektal karsinom, metastazlar, genomik kopya değişimleri vı